案例1：2014年，某省税务稽查局对M公司进行了税务稽查，M公司是一家有3万工人的大型国企。2009年之前，该公司每年发放1亿元的交通补贴，计入职工福利费项目，《财政部关于企业加强职工福利费财务管理的通知》（财企〔2009〕242号）文件颁布以后，该公司将交通补贴计入工资，并在工资条列示“交通补贴”项目1亿元。

稽查局认为按照《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函〔2009〕3号文件），交通补贴属于税法规定的福利费项目，由于该公司福利费已经超过了工资薪金的14%，因此应全额调增应纳税所得额，补缴税款2500万元。

相关政策——国家税务总局公告2015年第34号 国家税务总局关于企业工资薪金和职工福利费等支出税前扣除问题的公告

分析：
    国税函〔2009〕3号文件第三条第（二）款明文规定：为职工卫生保健、生活、住房、交通等所发放的各项补贴和非货币性福利，属于《企业所得税法实施条例》第40条规定的福利费项目。在2009年之前，企业发放的交通补贴无论财务处理，还是税法规定，均列入福利费进项纳税调整，税会之间没有发生矛盾。

2009年11月12日，财政部颁布了财企〔2009〕242号文件企业，该文件的第二条规定：为职工提供的交通、住房、通讯待遇，已经实行货币化改革的，按月按标准发放或支付的住房补贴、交通补贴或者车改补贴、通讯补贴，应当纳入职工工资总额，不再纳入职工福利费管理；

该文件颁布后，大型国企按照财政部的规定，将交通补贴纳入了工资管理，但是由于国税函〔2009〕3号文件的存在，财务处理与税法规定出现了差异。在本案例中出现了以下的模拟对话：

企业财务总监：我们按照财政部的规定，交通补贴计入了工资条管理，且占了我们一块工资限额，其实我们也不愿意做到工资条里面去，因为如果做到福利费里面，腾出了一块工资限额，可以给弟兄们多发一块儿钱啊。国企不是没有钱，而是发放的每一笔钱都必须有名目才行啊！但是按照242号文件规定，我们只能将交通补贴计入工资条，弟兄们的利益已经受损失了。现在税务局又要我们从工资中剔除，再缴一块儿税。那真是没天理了，财政打我一巴掌，税务局再打我一巴掌，左一巴掌，又一巴掌，这不是收税，这是抢钱吧！

稽查干部：首先，对财务总监的说法，我们深表同情，内心也认可您说的合理性。但是不要忽略财企〔2009〕242号文件第七条第二款同时规定：在计算应纳税所得额时，企业职工福利费财务管理同税收法律、行政法规的规定不一致的，应当依照税收法律、行政法规的规定计算纳税。3号文件正是对《企业所得税法实施条例》第40条的具体规定，因此财务规定与税法不一致的时候，应该进行纳税调整。

至于，贵总监所说“左一巴掌，又一巴掌”的事儿，那是财政部和总局要求打的，我们只是执法者，无权擅自不打啊。请贵公司予以理解。

财务总监：据我们了解，北京国地税的口径是凡是计入工资条的补贴，一律按照工资薪金扣除，而且我们已经缴了个人所得税了啊！我们总公司在北京就可以一律扣除，人家北京局可以突破政策，你们省怎么就不能突破啊！

稽查干部：北京局的口径，我们不能执行，我们只是按照税法办事儿，如果你们认为总局的政策不合理，请按照正规途径向总局反映，在此之前，爱莫能助啊！

然后……再然后，多次交涉，税局仍然坚持征税，但是内心中深感企业说的企业是有道理的，执行了自己认为不合理的政策，心中为之郁闷啊。可是不执行，又怕有执法风险，君不见各种督查、执法检查，执法审计，磨刀霍霍啊！甚至审理会上，都不愿意为企业辩解，长期以来形成了这样一种思想，如果轻易的向有利于纳税人的意见说话，人家有可能内心想，你小子收了企业好处吧！所以，解决问题，只能等一个水到渠成的机会，不能贸然行事儿。

再然后，国家税务总局2015年34号公告就颁布了，该公告规定：列入企业员工工资薪金制度、固定与工资薪金一起发放的福利性补贴，符合《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函〔2009〕3号）第一条规定的，可作为企业发生的工资薪金支出，按规定在税前扣除。不能同时符合上述条件的福利性补贴，应作为国税函〔2009〕3号文件第三条规定的职工福利费，按规定计算限额税前扣除。

郁闷的心为之颜开！
    延伸看这个问题，涉及到《企业所得税法实施条例》的制度性设计，不断有朋友问这样一个问题：为什么条例要规定福利费的限额，为什么要规定商业保险不允许企业所得税前扣除呢？第一，凡是人人有份的福利以及商业保险，都是要缴纳个人所得税的，在个人所得税中就是工资薪金项目。所以在个人所得税中，计入工资和计入福利的待遇一样。第二，既然这样，计入工资允许全额扣除，计入福利商业保险却要限额扣除，或者不能扣除，干脆我发放的福利，比如交通补贴，全部作为工资处理，不就可以全额扣除了么？商业保险，我采取先发钱，然后再集中起来帮助个人买商业保险，不是也就可以全额扣除了么？结论是：条例的规定，是脑残规定，根本没有用！

其实问这个问题，是没有理解条例的立法本意，凡是民营企业按照上述说法，福利补贴以及商业保险的问题，的确是个浮云，但是条例的设计本来就是针对国企而设的，假设国企的工资限额是1亿元，你将福利补贴和商业保险纳入工资里面去，等于是超限额发工资，内审是过不了关的，而且就算你违规超发，超过限额的也是不允许税前扣除的。所以，其实条例的规定，主要是针对有工资限额的国企的。理解到这儿，对3号文件与242号文件之争的深层次含义，就了然在胸了！