据了解，增值税抵扣凭证主要包括增值税专用发票、税务机关为小规模纳税人代开的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票、废旧物资发票。涉及增值税抵扣凭证税收违法案件的协查是指各级税务机关稽查局在案件检查过程中，案发地稽查局将检查发现有疑问或者已确定虚开的增值税抵扣凭证及相关信息发送给涉案地稽查局，涉案地稽查局对增值税抵扣凭证所记载的经济事项和反映的经济活动进行检查处理、取得相关证据并反馈协查结果的工作。此次国家税务总局对以往有关税收违法案件协查工作的规范性文件进行了修订和整合，依据《税收征管法》及相关法律法规，制定了《增值税抵扣凭证协查管理办法》。该办法指出，协查工作由稽查局负责完成。除另有规定外，涉案发票的票面合计金额在1000万元以上不满5000万元的，由市（州）稽查局组织协查；票面合计金额在5000万元以上不满1亿元的，由省、直辖市、自治区和计划单列市稽查局组织协查；票面合计金额在1亿元以上的，由国家税务总局稽查局组织协查。

　　《办法》规定了委托协查管理、受托协查管理、监控管理、系统管理、资料管理的具体管理事项。海关进口增值税专用缴款书和农副产品收购发票也适用该办法。