一、关于高新技术企业选择适用税率的问题

　　文件明确了高新技术企业在任何情况下都不能按15%的税率减半征收所得税。

　　（一）被认定为高新技术企业的居民企业同时又符合所得税其他优惠条件时适用税率的选择。这里包括两种情况：

　　1．被认定为高新技术企业的居民企业，同时又处于国发[2007]39号文《关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》规定的定期减免税优惠过渡期。

　　国发[2007]39号文附表“实施企业所得税过渡优惠政策表”列举了高新技术企业可享受过渡优惠政策的三种情况：一是在国务院确定的国家高新技术产业开发区设立的被认定为高新技术企业的中外合资经营企业，经营期在10年以上的，经企业申请，当地税务机关批准，从开始获利年度起2年内免征企业所得税；二是国家高新技术产业开发区内新创办的高新技术企业经严格认定后，自获利年度起2年内免征所得税；三是设在北京市新技术产业开发试验区的新技术企业自开办之日起3年内免征所得税。经北京市人民政府指定的部门批准，第4至第6年可按15%或10%的税率，减半征收所得税。

　　而根据新税法及其实施条例的规定，对拥有核心自主知识产权，并同时符合规定条件的国家需要重点扶持的高新技术企业，减按15%税率征收企业所得税。

　　根据国发[2007]39号文，企业所得税过渡优惠政策与新税法及其实施条例规定的优惠政策存在交叉的，由企业选择最优惠的政策执行，不得叠加享受，且一经选择，不得改变。由于高新技术企业减按15%税率征收所得税属于新税法下的优惠政策，因此与国发[2007]39号文中的定期减免税过渡期优惠政策不得叠加享受。基于此，国税函[2010]157号文明确，居民企业被认定为高新技术企业，同时又处于国发[2007]39号文第一条第三款规定享受企业所得税“两免三减半”、“五免五减半”等定期减免税优惠过渡期的，该居民企业的所得税适用税率可以选择依照过渡期适用税率并适用减半征税至期满，或者选择适用高新技术企业的15%税率，但不能享受15%税率的减半征税。

　　2．居民企业被认定为高新技术企业，同时又符合软件生产企业和集成电路生产企业定期减半征收企业所得税优惠条件。由于软件生产企业和集成电路生产企业在新税法实施前、后均享有所得税减免政策，因此这里需要分别不同情况作具体分析：

　　（1）新税法实施前设立并经认定的软件生产企业和集成电路生产企业，根据财税[2000]25号文《关于鼓励软件产业和集成电路产业发展有关税收政策问题的通知》，可自开始获利年度起享受所得税“两免三减半”优惠政策。财税[2009]69号文又规定，2007年年底前设立的软件生产企业和集成电路生产企业，经认定后可以按财税[2008]1号文《关于企业所得税若干优惠政策的通知》的规定享受所得税定期减免税优惠政策。2007年度或以前年度已获利并开始享受定期减免税优惠政策的，可自2008年度起继续享受至期满为止。也就是说，这类企业也可以享受所得税过渡期优惠政策。如果这类企业在新税法实施后又被认定为高新企业，则高新技术企业减按15%税率征收所得税的政策与定期减免税的过渡期优惠政策同样不得叠加享受。因此国税函[2010]157号文明确，此类居民企业的所得税适用税率可以选择适用高新技术企业的15%税率，也可以选择依照25%的法定税率减半征税，但不能享受15%税率的减半征税。

　　（2）新税法实施后经认定的新办软件生产企业和集成电路生产企业，根据财税[2008]1号文，自获利年度起可享受所得税“两免三减半”的优惠政策。如果这类企业又被认定为高新技术企业，则两种优惠都属于新税法实施后的政策，并不属国发[2007]39号文和财税[2009]69号文规定的不得叠加享受的优惠政策，那么这两种优惠政策是否可以同时享受呢？根据国税函[2010]157号文，这类企业也只能享受其中一项优惠政策，而不能享受15%税率的减半征税。

　　（二）高新技术企业减低税率优惠的应用。国发[2006]6号文《国务院关于实施<国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006－2020年）>若干配套政策的通知》曾规定：国家高新技术产业开发区内新创办的高新技术企业经严格认定后，自获利年度起两年内免征所得税，两年后减按15%的税率征收企业所得税。然而，后半部分“两年后减按15%的税率征收企业所得税”并不在国发[2007]39号文附表第30项所列的过渡政策范围内。究其原因，正如国税函[2010]157号文所说，即高新技术企业减低税率优惠属于变更适用条件的延续政策，因此，凡居民企业经税务机关核准2007年度及以前享受高新技术企业或新技术企业所得税优惠，2008年及以后年度未被认定为高新技术企业的，自2008年起不得适用高新技术企业的15%税率，也不适用国发[2007]39号规定的过渡税率，而应自2008年度起适用25%的法定税率。

　　这里应注意，国税函[2009]203号文《关于实施高新技术企业所得税优惠有关问题的通知》曾规定，原依法享受企业所得税定期减免税优惠尚未期满同时符合规定条件的商新技术企业，根据相关规定，按照新标准取得认定机构颁发的高新技术企业资格证书之后，可以在2008年1月1日后享受对尚未到期的定期减免税优惠执行到期满的过渡政策，但根据国发[2007]39号文及国税函[2010]157号文，高新技术企业可以执行至期满的实际上只能是“定期免税”政策，而不包括“定期减税”政策。当然这里有个特特殊情况，即根据国发[2007]39号文附表第25项，设在北京市新技术产业开发试验区的新技术企业，其定期减税政策也可执行至到期为止，但减半期间无论适用何种税率，根据国发[2007]39号文和财税[2008]21号文《关于贯彻落实国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策有关问题的通知》，原享受的低税率优惠在新税法施行后5年内要逐步过渡到法定税率，自2008年至2012年，各年只能分别按18%、20%、22%、24%、25%的税率减半征税。

　　通过以上分析，我们可以得出这样的结论：高新技术企业，无论什么情况下都不可能按15%税率减半征收所得税。

　　二、居民企业从事税法规定减征所得税项目的所得确定

　　为鼓励和扶持某些产业或地区的发展，新税法明确纳税人从事有关项目所得可以免征、减征所得税。根据实施条例第八十六条、第八十七条、第八十八条和第九十条，可减半征收所得税的项目包括：居民企业从事花卉、茶以及其他饮料作物和香料作物的种植、海水和内陆养殖所得、居民企业一个纳税年度内取得符合条件的技术转让所得超过500万元的部分。而对居民企业从事符合规定的国家重点扶持的公共基础设施项目的投资经营的所得，从事符合条件的环境保护、节能节水项目的所得，均自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起享受“三免三减半”优惠政策。对减半征收的企业所得税，国税函[2010]157号文明确，是指居民企业应就该部分所得单独核算并依照25%的法定税率减半缴纳企业所得税。

　　这里我们需注意：

　　1．居民企业从事税法规定减征所得税项目所得，只能按25%的法定税率减半缴纳企业所得税。因此即使是小型微利企业，其从事减征项目的所得，要么按25%税率减半缴纳所得税，要么放弃减半优惠而按其适用的20%税率缴纳所得税，但不能按20%税率减半缴纳所得税。

　　2．注意国税函[2010]148号文《关于做好2009年度企业所得税汇算清缴工作的通知》对减征、免征所得额项目的纳税申报要求，即企业取得的减征、免征所得额项目，不得弥补当期及以前年度应税项目亏损；当期形成亏损的减征、免征所得额项目，也不得用当期和以后纳税年度应税项目所得抵补。如某企业2009年度应税项目亏损50万元，减征项目所得50万元，则年度汇算清缴时，减征项目所得50万元不弥补应税项目亏损，从而可充分享受税收优惠政策；同时，如果应税项目所得为50万元，而减征项目亏损50万元，则年度汇算清缴时的应纳税所得额应为50万元，不能弥补减征项目的亏损。

　　三、关于居民企业总分机构的过渡期税率执行问题

　　新税法以是否具有法人资格作为企业所得税纳税人的认定标准，而“两税”合一前，内资企业以是否独立核算而非是否具有法人资格为纳税人认定标准；外资企业虽以法人作为纳税主体，但根据国税发[1997]49号文《关于外商投资企业分支机构适用所得税税率问题的通知》，外资企业设在我国境内的从事产品生产、商品贸易、服务等业务的分支机构，其生产经营所得应适用该分支机构所在地同类业务企业适用的企业所得税税率，由其总机构汇总缴纳所得税。也就是说，“两税”合一前，不具备法人资格的内、外资企业分支机构，都可能单独享受所得税优惠政策。而根据财税[2009]69号文，企业在2007年3月16日之前设立的分支机构单独依据原内、外资企业所得税法的优惠规定已享受有关税收优惠的，凡符合国发[2007]39号文所列政策条件的，该分支机构可以单独享受所得税过渡优惠政策。

　　由于新税法实行法人所得税制，为理顺分配方式，在总分机构所在地间合理分配税收收入，国税发[2008]28号文《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》明确了总分机构所得税分配办法，而对总分机构处于不同税率地区的特殊情况，国税发[2008]28号文和国税函[2009]221号文《关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》也明确了处理措施，即先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按照文件规定计算出的分摊比例计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自适用税率计算应纳税额后加总计算出企业应纳税总额；对计算出的应纳税总额，再按照分摊比例计算向总机构和各分支机构就地预缴的所得税款。

　　如某外资企业甲公司在A、B、C三个地区设立三个非法人分支机构，其中 A根据过渡期优惠政策按22%税率征税，甲公司和其他分公司均适用25%的税率。2010年一季度，三个分支机构应纳税所得额分别为300万元、200万元和100万元，则甲公司汇总应纳税所得600万元。假设A、B、C三个分支机构根据国税发[2008]28号文规定计算出的分摊比例分别为20%、30%、50%.根据国税发[2OO8]28号文和国税函[2009]221号文，首先计算总机构和各分支机构分摊的应纳税所得额：甲公司分摊50%即300万元，另外300万元由各分支机构分摊：A60万元（300×20%），B90万元（300×30%），C150万元（300×50%），甲公司应纳税总额为60×22%＋（300＋90＋150）×25%＝148.2（万元）；然后计算总公司和各分公司预缴所得税：总公司预缴50%即74．1万元，另外50%在各分公司分摊预缴：A14．82万元（74．1×20%）， B22.23万元（74．1×30%），C37．05万元（74．1×50%）。

　　但根据国税函[2010]157号文，居民企业经税务机关核准2007年度以前依照国税发[1997]49号文规定，其处于不同税率地区的分支机构可以单独享受所得税减低税率优惠的，仍可继续单独适用减低税率优惠过渡政策；优惠过渡期结束后，再统一依照国税发[2008]28号文的相关规定执行。根据该规定，甲公司汇总缴纳的所得税应为300×22%＋（200＋100）×250＝141（万元），总机构分摊50%即70．5万元，A就地预缴300×22%×50%＝33（万元），B和c则应按国税发[2008]28号文的规定计算确定分摊的预缴所得额，由于适用税率相同，不需要再根据国税函[2009]221号文进行二次分配，直接按分摊的预缴所得额和适用税率计算预缴所得税。可见，两种办法计算的甲公司应纳税总额及总机构和各分支机构预嫩的所得税存在明显差别。

　　这里要注意该政策必须符合以下两个条件：1．该办法的适用主体，只能是2007年度以前外资企业在我国境内设置的从事产品生产、商品贸易、服务等业务的分支机构；2．分支机构适用该办法的税收优惠，根据国税函[2009]221号文，必须是国发[2007]39号文、财税[2008]1号文和财税[2008]21号文规定的优惠政策，否则，处于不同税率地区的分支机构均应按照企业适用统一的税率计算并缴纳企业所得税。