《管理办法》对重组中的一些规定进行了解释。如财税[2009]59号文件第五条规定，企业重组同时符合下列条件的，适用特殊性税务处理规定：1.具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。2.被收购、合并或分立部分的资产或股权比例符合本通知规定的比例。3.企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。4.重组交易对价中涉及股权支付金额符合本通知规定比例。5.企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。

　　合并亏损企业的弥补亏损额扩大

　　在企业合并重组中，如果被合并企业存在亏损，则可以有条件的限额弥补。财税[2009]59号文件第六条规定，可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。《管理办法》第二十六条规定，《通知》第六条第四项所规定的可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额，是指按税法规定的剩余结转年限内，每年可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额。

　　重组后的企业可承继相关所得税事项

　　在重组业务符合特殊性的税务处理中，财税[2009]59号文件第六条第四项规定，被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继。第六条第五项规定，企业分立，已分立资产相应的所得税事项由分立企业承继。财税[2009]59号文件，对“相关所得税事项”所指并不明确。

　　鉴于此，《管理办法》第二十八条规定，这些事项包括尚未确认的资产损失、分期确认收入的处理，以及尚未享受期满的税收优惠政策承继处理问题等。其中，对税收优惠政策承继处理问题，凡属于依照《企业所得税法》第五十七条规定中就企业整体（即全部生产经营所得）享受税收优惠过渡政策的，合并或分立后的企业性质及适用税收优惠条件未发生改变的，可以继续享受合并前各企业或分立前被分立企业剩余期限的税收优惠。合并前各企业剩余的税收优惠年限不一致的，合并后企业每年度的应纳税所得额，应统一按合并日各企业合并前企业资产占合并后企业总资产的比例进行划分，再分别按相应的剩余优惠年限计算应纳税额。合并前各企业或分立前被分立企业按照税收优惠政策规定，以及税收优惠过渡政策中就有关生产经营项目所得享受的税收优惠承继处理问题，按照《实施条例》第八十九条规定执行。

　　分步实施重组的可以先预计处理

　　财税[2009]59号文件第十条规定，企业在重组发生前后连续12个月内分步对其资产、股权进行交易，应根据实质重于形式原则将上述交易作为一项企业重组交易进行处理。如企业股权收购中，2009年10月转让企业全部股权的50%，2010年5月转让30%，时间相隔不足12个月合计转让80%股权，可以认为符合股权收购特殊性重组条件之一的“购买的股权不低于被收购企业全部股权的75%”。

　　《管理办法》第三十二条规定，若同一项重组业务涉及在连续12个月内分步交易，且跨两个纳税年度，当事各方在交易完成时预计整个交易可以符合特殊性税务处理条件，可以协商一致选择特殊性税务处理的，可在交易完成后，适用特殊性税务处理。主管税务机关在审核有关资料后，符合条件的，可以暂认可适用特殊性税务处理。第二年再进行交易后，应按本办法要求，准备相关资料确认适用特殊性税务处理。上述跨年度分步交易，若当事方在首个纳税年度不能预计整个交易是否符合特殊性税务处理条件，应适用一般性税务处理。在下一纳税年度全部交易完成后，适用特殊性税务处理的，可以调整上一纳税年度的企业所得税年度申报表，涉及多缴税款的，各主管税务机关应退税，或抵缴当年应纳税款。

　　12个月内改变重组条件需调整处理

　　对于符合特殊性税务处理并选择特殊处理的重组业务，如果在规定的时间内（12个月内）重组中的主要条件发生变化，如股东变化、实质性经营活动改变等，导致不再符合原先确定条件的，需要调整原来的税收处理方式。《管理办法》第三十条规定，当事方的其中一方在规定时间内发生生产经营业务、公司性质、资产或股权结构等情况变化，导致重组业务不再符合特殊性税务处理条件的，发生变化的当事方应在情况发生变化的30天内书面通知其他所有当事方。主导方在接到通知后30日内将有关变化通知其主管税务机关。上款所述情况发生变化后60日内，应按照一般性税务处理的规定调整重组业务的税务处理。原交易各方应各自按原交易完成时资产和负债的公允价值计算重组业务的收益或损失，调整交易完成纳税年度的应纳税所得额及相应的资产和负债的计税基础，并向各自主管税务机关申请调整交易完成纳税年度的企业所得税年度申报表。逾期不调整申报的，按照《税收征管法》的相关规定处理。

　　跨境重组要准备和报送相关资料

　　财税[2009]59号文件第七条规定，企业发生涉及中国境内与境外之间（包括港澳台地区）的股权和资产收购交易，除应符合本通知第五条规定的条件外，还应同时符合下列条件，才可选择适用特殊性税务处理规定：1.非居民企业向其100%直接控股的另一非居民企业转让其拥有的居民企业股权，没有因此造成以后该项股权转让所得预提税负担变化，且转让方非居民企业向主管税务机关书面承诺在3年（含3年）内不转让其拥有受让方非居民企业的股权。2.非居民企业向与其具有100%直接控股关系的居民企业转让其拥有的另一居民企业股权。3.居民企业以其拥有的资产或股权向其100%直接控股的非居民企业进行投资。4.财政部、国家税务总局核准的其他情形。

　　《管理办法》第三十六条规定，发生上述第一项、第二项规定的重组，适用特殊税务处理的，应按照《国家税务总局关于印发〈非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法〉的通知》（国税发[2009]3号）和《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函[2009]698号）要求，准备资料。对发生第三项规定重组的，《管理办法》也规定了居民企业应向其所在地主管税务机关报送的相关六种资料。