修订后的《中华人民共和国公司法》和国务院批准的《注册资本登记制度改革方案》对公司设立、年检等制度作出重大调整，将注册资本实缴登记制改为认缴登记制。实缴制度是旧公司法的规定，比如，要求有限责任公司在两年内缴足注册资本。认缴制度是指现在设立公司注册资本以及缴足期限由股东自行约定，不再限定在两年内缴足。比如，注册资本1亿元，可以约定在20年内缴足，如果在20年内未缴足，要面临注销或减资。若未缴足且未注销未减资的，需承担法律责任。由于企业所得税在法律规定上有很多地方与实收资本有关，这一制度的修改势必对税务机关企业所得税的征管带来一定的影响。

资本弱化情况存在税收风险。《中华人民共和国企业所得税法》第四十六条规定：“企业从其关联方接受的债权性投资与权益性投资的比例超过规定标准而发生的利息支出，不得在计算应纳税所得额时扣除。”

《财政部、国家税务总局关于企业关联方利息支出税前扣除标准有关税收政策问题的通知》（财税〔2008〕121号）规定，为规范企业利息支出税前扣除，加强企业所得税管理，根据《中华人民共和国企业所得税法》第四十六条和《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第一百一十九条的规定，在计算应纳税所得额时，企业实际支付给关联方的利息支出，不超过规定比例和税法及其实施条例有关规定计算的部分，准予扣除，超过的部分不得在发生当期和以后年度扣除。企业接受关联方债权性投资与其权益性投资的比例，金融企业为5∶1；其他企业为2∶1。

目前，关联方融资情况越来越多，企业权益性投资越小，债权性投资越大，允许税前扣除的利息按比例计算后，企业按照发生额支出利息费用，存在企业所得税风险，也给税务机关企业所得税管理带来了一定的难度。

注册资金不到位影响税额计算。根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》以及《国家税务总局关于企业投资者投资未到位而发生的利息支出企业所得税前扣除问题的批复》（国税函〔2009〕312号）的规定，凡企业投资者在规定期限内未缴足其应缴资本额的，该企业对外借款所发生的利息，相当于投资者实缴资本额与在规定期限内应缴资本额的差额应计付的利息，其不属于企业合理的支出，应由企业投资者负担，不得在计算企业应纳税所得额时扣除。

在注册资本认缴制度下，根据税法规定，对企业来说，如果企业设立时认缴的注册资本过大，逾期未缴足资本金将面临对应数额借款利息无法扣除的税务风险，形成永久性差异；对税务机关而言，由于认缴注册资本转化为实收资本比较繁琐，设置风险指标口径比较困难，给企业所得税的正确计算带来一定的难度。