【基本案情1】

某房地产集团有限公司（以下简称甲公司）于2009年10月10日报名参加竞买异地某地块，应当地国土局的要求书面承诺“中标后甲公司和境内乙公司以70%和30%股份出资设立M公司来开发建设该地块”。同年11月11日，甲公司与国土局签订土地出让合同，以20.5亿元价格竞得该地块。12月12日甲公司与乙公司依约分别以70%和30%股份出资设立了M公司。12月22日，由国土局与甲公司、乙公司三方签订《土地出让合同补充协议》，将土地受让人依约变更为M公司。M公司为解决后续开发资金问题，2010年2月10日，引进丙公司作为投资人，甲、乙、丙签署三方协议，甲、乙分别将持有M公司19%、10%的股权转让给丙公司，股权转让后，甲、乙、丙股权比例分别为51%、20%、29%。

2010年3月，M公司交齐土地出让金后需办理土地使用权证，前置程序是提交由地税局出具的契税完税证明。在M公司向税务机关申报契税时，税务人员提出：M公司的投资人是甲、乙、丙三家公司，与原书面承诺函“甲公司70%、乙公司30%”不符，即土地受让人在拍地期间发生了股权转让，根据《关于招标拍卖挂牌出让国有土地使用权过程中有关契税政策的通知》（×省财农税字[2007]28号，以下称28号文件）和《关于招标拍卖挂牌出让国有土地使用权有关契税征收问题的通知》（×市财农［2009］805号，以下称805号文件）规定，应视为发生了土地受让人转让土地使用权，须分环节征收两道契税各3%。

28号和805号文件均规定：“同时符合以下两个条件的，可按国有土地使用权一次出让征收契税：
     1.竞得人事先向国土管理部门申请约定准备成立新公司的；

2.竞得人在新公司中的出资构成必须与事先向国土管理部门申请约定一致。

对不符合上述条件，土地竞得人、《国有土地使用权出让合同》签订人、国有土地使用权人不一致的，视为土地使用权转让，须分环节征收契税。”

国土局也认为“M公司现有出资结构与事先向国土管理部门申请约定不一致”，应视为转让土地使用权征收契税。

M公司认为，根据《关于企业改制重组若干契税政策的通知》（财税[2008]175号）第二条规定，在股权转让中，单位、个人承受企业股权，企业土地、房屋权属不发生转移，不征收契税。

各方各执一词。不交契税无法办理土地使用权证。为了解决重复缴纳契税，并保障工程顺利开工，M公司委托一家税务师事务所代理协调该纳税争议。

【案例解析】

根据《土地出让合同补充协议》约定，土地受让人是M公司，而不是股东。无论M公司的股东如何变更，土地使用权均为M公司所有，只要土地使用权未发生转让，就无需再次缴纳契税。根据财税[2008]175号文件第二条规定，股东变更不涉及土地权属转移，不征契税。28号文件中规定的“竞得人在新公司中的出资构成必须与事先向国土管理部门申请约定一致”，“新公司”应理解为首次办理“工商注册登记”，而不应当考虑其后发生的“工商变更登记”。M公司的土地受让及股东变更，与省市文件并无冲突。此外，28号和805号文件中的上述规定与上位法相冲突，涉嫌违反《契税暂行条例》，应予废止。通过税务师事务所与主管税务机关的反复沟通，企业的意见最终得到税务机关的认可。如今，上述两个地方性文件也已相应废止。

【基本案情2】

转眼间到了2014年，故事继续发生。M公司根据土地规划要求，在上述地块上开发了一幢五星级宾馆，由于缺少酒店管理经验，拟引进一家酒店管理公司参与经营管理，酒店管理公司要求将酒店用房产从M公司中独立出来成立独立法人的五星级酒店公司（以下简称N公司），酒店管理公司参股N公司30%，M公司决定采取存续分立，即原M公司依然存续，继续经营住宅、写字楼开发项目，分立后新设立的N公司主要经营住宿、餐饮。分立后，N公司的股东及持股比例与M公司保持一致。分立后，酒店管理公司再以增资扩股方式对N公司进行股权投资。

M公司按照公司分立的程序完成了一系列工作，包括股东会决议；M公司分立减资公告；资产评估；编制资产负债表及财产清单；签订分立协议；核准N公司名称登记；修订M公司章程；制定N公司章程；出具N公司验资报告；办理M公司工商变更登记、税务变更登记；办理N公司工商注册登记、税务注册登记；M公司、N公司会计处理；企业所得税特殊税务处理备案等。

在办理房地产权证过户手续时，国土部门要求提供税务部门出具的土地增值税完税或减免税证明文件。M公司认为，公司分立房地产过户过程中，未发生有偿销售不动产行为，不征土地增值税，但税务人员认为房产权属发生了转移，应视同销售缴纳土地增值税。

M公司再次委托同一家税务师事务所负责沟通协调。负责代理此项协调工作的注册税务师提供了国家税务总局2010年12月22日在纳税服务网站的公开咨询回复：“《土地增值税暂行条例》第二条规定，转让国有土地使用权、地上的建筑物及附着物（以下简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳土地增值税。根据《土地增值税暂行条例实施细则》（财法字[1995]6号）第二条规定，条例第二条所称的转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入，是指以出售或者其他方式有偿转让房地产的行为。不包括以继承、赠与方式无偿转让房地产的行为。第五条规定，条例第二条所称的收入，包括转让房地产的全部价款及有关的经济收益。根据上述规定，企业分立过程中，对房产、土地的分割不缴纳土地增值税。”但主管税务机关认为，总局网站答复内容不具备因果关系，没有说服力，且总局不是以文件形式下发的，税务机关可以不执行。

税务人员进一步解释：《关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税[1995]48号）规定：“在企业兼并中，对被兼并企业将房地产转让到兼并企业中的，暂免征收土地增值税。”税法只规定了公司兼并房地产过户免征土地增值税，对公司分立没有免税规定，因此需要缴纳土地增值税。