一、制定《办法》的背景
　　上海、北京等地区试点以来，为解决国航、东航、南航等航空运输企业营改增期间增值税缴纳问题，税务总局和财政部以财税字文件下发了《总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法》和《关于部分航空公司执行总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法的通知》，同时税务总局还以公告的形式下发了税收征管方面的《营业税改征增值税试点期间航空运输企业增值税征收管理暂行办法》。上述三个文件互相配套，满足了航空运输企业总分机构缴纳增值税的政策和征管需要。文件的核心内容，是允许总机构汇总计算企业集团的应交增值税，抵减分支机构已经缴纳的增值税和营业税后申报入库。
　　2013年8月1日“营改增”试点在全国推行后，航空运输企业在各地的分支机构均纳入了试点范围，非试点地区分支机构缴纳营业税等问题已不存在，原有的政策和征管文件均需要修订后重新下发。此外，此次纳入试点的地区中，还有海航、川航、山航等航空运输企业也面临总分机构分离、需要汇总纳税的问题。
　　鉴于以上情况，11月1日，部局两家联合印发了《财政部 国家税务总局关于重新印发〈总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法〉的通知》（财税[2013]74号）和《财政部 国家税务总局关于部分航空运输企业总分机构增值税计算缴纳问题的通知》（财税[2013]86号）。作为征管配套文件，《国家税务总局关于发布〈航空运输企业增值税征收管理暂行办法〉的公告》应进行了相应修订。
　　二、《办法》的适用范围
　　本《办法》适用于经财政部和国家税务总局批准，按照《总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法》计算缴纳增值税的航空运输企业。
　　三、《办法》的主要内容
　　除了对航空运输企业增值税计算缴纳问题进行细化之外，《办法》主要明确了总分机构一般纳税人认定、分支机构税款缴纳情况如何传递、总分机构纳税期限、年终清算办法以及风险防控等具体税收征管问题。