（一）农产品生产企业（农垦企业中从事农业生产的单位）增值税进项税额全部计入成本，增加了企业与职工的负担

　　依据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十五条：国有农口企业农业生产单位和个人销售自产的初级农产品免征增值税。第十条：免税企业不得抵扣增值税进项税额。这导致农垦企业和职工购进农业生产资料中所包含的增值税进项税额直接进入成本费用，由企业或职工个人承担。农垦企业和职工本身是生产者，由生产者承担增值税进项税额的做法有失税收公平原则。

　　农产品生产与工业产品生产一样，都是通过人的劳动、购进生产资料进行产品生产的过程，只是农产品生产周期较长，增值风险更大；但不同的是工业企业产品生产购进货物的增值税进项税额可以通过销项税额进行抵扣，只对产品销售增值部分纳税。而农垦企业在农产品生产过程中无论增值与否，企业和职工都要承担在生产中购买农药、化肥、油料、农机等支出的增值税进项税额，它不利于农产品生产企业与其他行业的公平竞争。

　　增值税转型改革后，农产品生产企业与工业企业之间不合理的税负差距进一步加大。根据增值税转型的规定，允许全国范围内增值税一般纳税人抵扣新购设备所含进项税额。而农产品生产企业由于是免税企业仍然无法抵扣。同类资产，由不同的企业使用其成本和税负不同，无疑造成了农垦企业负担的加重。这种不公平的税收政策使农业企业在竞争中处于不利地位。

　　（二）农产品初加工企业的部分增值不缴纳增值税，形成增值税税负倒挂，不利于企业发展

　　农产品增值税税负倒挂的原因是，农产品加工企业购进、销售农产品税率均为13%，但购进农产品是价内抵扣增值税，而销售农产品是不含税价，按照上述办法计算的农产品加工企业在产品增值不超过15%的情况下，不须要缴纳增值税。如果再加上企业购进农产品可以抵扣运输费的7%进项税额以及企业购进办公用品、零配件、油料、固定资产等可以抵扣的l7%进项税额，则销售毛利率还要上升较高的比例才能实现增值税的缴纳。由于农产品初加工多属简单的产品加工生产、产品附加值低、利润较少，其结果自然导致进项税额大于销项税额。

　　企业增值税税负倒挂导致：一方面农产品初加工企业要交税，必须要有很高的加工利润，即压级压价收购农产品，造成加工企业与农户之间的矛盾加剧。另一方面如果企业无税可交形成税负倒挂的情况，税务部门可能认为是企业虚开农产品收购发票，多抵扣进项税额等原因造成的，从而加大监管力度，结果造成企业与税务部门的矛盾。此外，增值税税负倒挂虽然可以结转下年，但其积累逐渐增多，长期占用了企业资金，限制了农产品初加工企业的发展。

　　（三）农产品精深加工企业中不增值的部分也要交纳增值税，导致农产品精深加工企业增值税税负过重

　　增值税属于流转税，只对生产和流通环节中的新增价值征税，是以增值大小为依据的，增值小税负就少，增值大税负就多，没有增值则不交税。根据《农业产品征税范围注释》（财税字[1995]52号）通知，对农业初级产品范围外的农产品均视为工业产品按17%计提销项税额，由于精深加工企业购进初加工农产品的增值税进项税额为13%，销售产品按17%计算增值税销项税额，导致精深加工企业要对生产中没有增值的部分也要交税，加重农产品精深加工企业的负担，其实质是损害农业生产者的利益。

　　二、完善农垦企业增值税缴纳的设想和建议

　　（一）按产业类别成立农业公司（含农业股份公司、农业合作社等），承接和完善农产品生产企业的增值税核算工作

　　当前，增值税核算在农业生产、加工领域存在较多的问题，而农垦企业内部家庭农场分散经营的组织形式也不利于企业增值税的核算工作。农垦企业实行政企分离、企社分离后，应设立现代农业公司，把分散的家庭农场用产业联系起来，改变千家万户独立面对市场的处境。农业公司在产业化经营中统一购买农业生产资料、统一销售农产品、统一订单种植生产农产品等，以降低市场交易成本，实现企业增效、职工增收的目的。按产业类别设立的农业公司可以建立起财务资料健全、有规范完备的核算体系，能够准确反映农产品生产过程中增值税的进项税额和销项税额，为解决农产品生产企业增值税核算过程中出现的问题提供了条件。此外，需要相应的税收政策支撑，国家可对符合法人经营条件的农业公司试点，采取分阶段、分步骤的方法，将企业购进的农业生产资料增值税进项税额先实行退税，待条件成熟时再逐步把农业纳入增值税的征纳范围，以达到公平税负之目的，具体可以分两步走：

　　1．在目前条件下，对农业公司管理和组织生产过程中投入的生产资料增值税进项税额实行退税。多年来，国家对部分农业生产资料从生产到销售环节实行增值税“减、免、退”等优惠政策的初衷是减轻农民负担、降低农业生产成本，由于受市场供求规律的影响，生产资料价格不但没有下降，反而不断升高，企业和职工并没有得到实惠。因此，国家应该把对农业的间接优惠政策改为直接退税，即取消对农业生产资料生产企业的优惠免税，而直接对购进农业生产资料的企业增值税进项税额实行退税，使农业生产者不承担增值税进项税额。

　　2．在条件成熟时，把农产品销售纳入增值税范围，实现增值税产业链条的完整。国家可率先在农垦企业试行农产品销售和工业产品销售一样征收增值税。企业用收取的增值税销项税额抵补进项税额的同时，再对企业应缴的增值税实行免税，这有助于解决现行增值税在农产品生产和加工领域存在的一系列问题。对销售农产品征收增值税，意味着只有农产品进入商品领域，实现了销售收入，才能取得销项税额，出售农产品越多，所获得的抵补税款越多，鼓励农产品的商品转化，对农业生产者从事农产品生产积极性会有更强的激励作用。

　　对农产品征收增值税，可以改变现行农产品加工企业凭收购发票直接抵扣增值税的办法，由农业公司开具销增值税抵扣发票，不仅可以控制农产品收购凭证的虚开问题，堵住农产品进项税额抵扣漏洞，使整个农产品的销售纳入增值税管理；还可以完善农产品税收计算办法，无论购进或销售农产品都按价外计税，使销售货物和购进货物的税金计算口径一致，实现增值税产业链的完整。

　　总之，无论是退税、抵扣或者免税等都需要通过农业公司出面承接，由农业公司和职工进行结算，不仅可行，操作成本低，而且还可以更好地发挥农业公司在提高农业的组织化和规模经营中的地位，促进农业产业化的发展。

　　（二）以农产品精深加工企业产生的增值税，抵减农产品初加工行业增值税进项税额，实现贸工农一体化，以税惠农的经营格局

　　当前农业产业化经营机制不完善，龙头企业与农户之间利益关系连接不紧密，农产品初加工企业多，精深加工企业少，产品增值小，龙头企业带动能力不足，甚至出现加工业剥夺农业的现象。而分散的农业经营不利于机械化大规模生产、产品质量参差不齐，也限制了产业化的发展。因此，农垦企业要调整农产品加工业结构，以精深加工企业为龙头，用工业化生产手段和先进科学技术引导农业，走联合发展之路，实现产业化经营。农业产业化经营的关键是龙头企业带动职工的发展，把农产品生产、初加工、精深加工三者利益结合起来，不仅在增值税上能够相互弥补，而且在调节所得税方面能发挥更大的作用。

　　工业反哺农业，并不是资金的单方向流动，通过联合，农业可以为加工企业提供源源不断的充足原料，保证农产品的质量、保证食品安全、保证加工企业的可持续发展；精深加工企业通过参与农产品的加工、销售，可以降低内部交易成本，延长产业链条，使成员获得更大的规模效益，共同促进农业产业化发展。

　　（三）在农产品加工领域实行统一的增值税税率

　　现行农产品加工行业不同的增值税税率及计算口径不一导致农产品加工企业增值税税负不同，农产品加工企业不同的税率实际上是国家把对农产品初加工企业的优惠一部分转嫁给农产品精深加工企业承担，这与中央支持“三农”的要求不符。由于农业本来就是弱势与微利产业，对农产品初加工企业优惠而不包括深加工企业，人为地抑制了农产品精深加工企业的发展，国家应降低农产品精深加工企业的税收，将农产品深加工企业增值税和初加工企业改为同一税率征收，从政策上引导农产品深加工企业的发展。

　　（四）积极探索农垦集团“汇总纳税、集团化管理”模式

　　根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条关于增值税纳税地点的规定：经国务院财政，税务主管部门或其授权的财政、税务机关批准，可以汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。当前，农垦系统基本启动了财务电算化核算工作，为集团公司汇总纳税提供了条件，汇总纳税不仅可以实现税法允许的时间上延续，还可以实现集团内部企业之间空间上的互补，最大限度的节省资金。而集团化统一管理，不仅可以避免单个企业小额零星购置只能取得普通发票而难以取得抵扣的增值税发票的矛盾，主要是发挥企业规模优势，集中采购降低成本、统一销售提高收入。一定规模的企业集团能够影响市场、形成自己的品牌、提高企业核心竞争力。同时，达到国家龙头企业标准的还能够享受更多的税收政策优惠。

　　“集团化、产业化、股份化”是农垦发展的方向，农垦企业除具有农业的特性，还承担着保障国家战略能源物资的职能。农业是国家重点扶持的行业，农业生产与农产品加工的每一个环节都离不开税收，需要国家政策给予扶持。