以上政策表述的十分明确，首先是在经销货方所在地主管税务机关认证并出具《增值税一般纳税人丢失防伪税控系统开具的增值税专用发票已抄报税证明单》的前提下，外贸企业才可以凭此申报办理出口退税。其次是国税发[2002]10号文件中所规定的发票丢失前已通过防伪税控认证系统认证的，或是发票丢失前未通过防伪税控认证系统认证的，购货单位凭销货单位出具的丢失发票的存根联复印件到主管税务机关进行认证通过的，也可以凭此申报办理出口退税。但是，随着《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》（国税发[2006]156号）文件的出台以及发票管理使用规定的日趋完善，有些政策所述条款在当前已经失效。对此，2010年4月，国家税务总局下发《关于外贸企业丢失增值税专用发票抵扣联出口退税有关问题的通知》（国税函[2010]162号）分为两类情况进行了明确。

　　一是发票联与抵扣联全部丢失时。根据国税函[2010]162号文件规定，对于外贸企业丢失已开具增值税专用发票发票联和抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，向主管出口退税的税务机关申报出口退税。文件首次明确在丢失已开具增值税专用发票发票联和抵扣联的情况下，通过认证相符记账联可以作为外贸企业申报并计算出口退税的依据。

　　二是有发票联但抵扣联丢失时。根据国税函[2010]162号文件规定，对于外贸企业只丢失已开具增值税专用发票抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票发票联复印件向主管出口退税的税务机关申报出口退税。

　　从以上两条规定看出，它与国税发[2002]10号规定使用增值税专发票的存根联复印件办理认证手续是有区别的。主要是因为国税发[2006]156号规定，增值税专用发票由发票联、抵扣联和记账联三联构成，存根联已不再使用。对此，新规定及时进行了调整与明确。

　　另外，在办理此项业务时还有两点需要注意。一是根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）规定，自2010年1月1日以后，增值税专用发票等扣税凭证抵扣期限，由90天调整为180天。那么，外贸企业丢失已开具的增值税专用发票（抵扣联或发票联），如还未认证的应在规定期限的180天内及时进行认证，并按上述两类情况的要求办理出口退税的有关事宜。

　　二是对于各地主管出口退税的税务机关为了加强出口退税的管理与审核，在增值税专用发票信息比对无误的情况下，才能按现行出口退税有关规定办理外贸企业丢失已开具增值税专用发票的出口货物。