统一计算，是指建筑企业应统一计算包括各个不具有法人资格营业机构在内的企业的全部应纳税所得额和应纳税额。也就是说，跨省市设立分支机构的企业，应汇集各分支机构的收入、成本、费用等，统一计算应纳税所得额和应纳税额，如果总机构和分支机构适用税率不一致的，应分别计算应纳税所得额和应纳税额，分别按照适用税率纳税。

　　分级管理，是指建筑企业总机构、分支机构，分别由所在地主管税务机关属地进行监督和管理。

　　就地预缴，是指建筑企业总机构和分支机构应分别在当地按月或按季度预缴税款，具体方法是：总机构根据企业本期累计实际经营成果，统一计算企业实际利润额、应纳税额。将总机构计算的应纳税额分成相等的两部分，50%由总机构缴纳，另外的50%由分支机构缴纳。如果一个总机构下设多家分支机构，则再由各分支机构按照一定的比例，计算自己应在当地缴纳的税款，各分支机构的分享比例，按照各自的经营收入、职工工资、资产总额三个因素和0.35、0.35、0.3的比重计算得出。

　　需要注意几个问题：一是分支机构经营收入，是指分支机构在销售商品或者提供劳务等经营业务中实现的全部营业收入。分支机构职工工资，是指分支机构为获得职工提供的服务而给予职工的各种形式的报酬。分支机构资产总额，是指分支机构拥有或者控制的除无形资产外能以货币计量的经济资源总额。为简化数额确定，各分支机构的经营收入、职工工资和资产总额的数据，均以企业财务会计决算报告数据为准。二是这里提到的总机构的应纳税额是根据实际经营成果计算出来，而不是根据上年度应纳税所得额的一定比例计算。同时，企业在规定期限内按实际利润额预缴有困难的，经总机构所在地主管税务机关认可，可以按照上一年度应纳税所得额的1／12或1／4，由总机构、分支机构就地预缴企业所得税。以上公式中分支机构仅指需要就地预缴的分支机构，该税款分摊比例按照上述方法一经确定后，当年不作调整。

　　汇总清算，是指建筑企业总机构应在年度终了后5个月内，依照法律、法规和其他有关规定进行所得税年度汇算清缴。统一计算企业的年度应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补。其中，当年应补缴的所得税款，由总机构缴入中央国库。当年多缴的所得税款，由总机构所在地主管税务机关开具“税收收入退还书”等凭证，按规定程序从中央国库办理退库。

　　财政调库，是在坚持目前所得税由中央和地方按照60∶40的比例分享的前提下，对由总机构缴纳的部分税款，不是在中央与总机构所在地之间分配，而是由财政部在全国各地之间进行分配。具体办法如下：将建筑企业总机构在其所在地缴纳全部税额的50%分成相等的两部分，应纳税总额的25%就地办理缴库，所缴税款由中央与总机构所在地按照60∶40分享。应纳税总额另外的25%由总机构全额缴入中央国库，所缴纳税款的60%为中央收入，另40%由财政部按照相关规定向各省市分配。如果某分支机构因适用税率与总机构不一致而单独计算应纳税额的，其应纳税额也不是在该分支机构所在地缴纳，而是按照国税发[2008]28号文件规定的办法在总分机构之间分配。

　　由于一些大公司的层级多，如果层层预缴会使操作过于复杂，所以国税发[2008]28号文件规定总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分期预缴企业所得税，三级及以下分支机构不就地预缴企业所得税，其经营收入、职工工资和资产总额统一计入二级分支机构。同时，对总机构设立具有独立生产经营职能部门，且具有独立生产经营职能部门的经营收入、职工工资、资产总额与管理职能部门分开核算的，可将具有独立生产经营职能的部门视同一个分支机构，就地预缴企业所得税。《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函[2009]221号）规定，以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构无法提供有效证据证明其二级及二级以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行国税发[2008]28号文件的相关规定。各地根据国家税务总局上述文件出台了相应的管理办法，有的规定异地施工的建筑企业代开建筑业发票时，按开票金额的一定比例附征企业所得税。

　　为避免建筑企业重复纳税，国税函[2010]39号文件明确，建筑企业跨地区设立的不符合二级分支机构条件的项目经理部（包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等），应汇总到总机构或二级分支机构统一计算，按照国税发[2008]28号文件规定的办法计算缴纳企业所得税。也就是说，建筑企业跨地区设立的项目经理部（包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等），凡不符合二级分支机构条件的，其收入一律应汇总到总机构和二级分支机构，统一缴纳企业所得税。而且具有独立生产经营职能部门与管理职能部门的经营收入、职工工资和资产总额不能分开核算的，具有独立生产经营职能的部门不得视同一个分支机构，不就地预缴企业所得税。新设立的分支机构，设立当年不就地预缴企业所得税，撤销的分支机构，撤销当年剩余期限内应分摊的企业所得税款由总机构缴入中央国库。