一、关于居民企业选择适用税率及减半征税的具体界定问题。这里主要涉及到高新技术企业的所得税优惠政策适用。这里又分为两种情况：

　　（一）被认定为高新技术企业的居民企业，同时又处于国发[2007]39号文《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》规定的定期减免税优惠过渡期。

　　根据国发[2007]39号文，自2008年1月1日起，原享受企业所得税“两免三减半”、“五免五减半”等定期减免税优惠的企业，新税法施行后继续按原税收法律、行政法规及相关文件规定的优惠办法及年限享受至期满为止，但因未获利而尚未享受税收优惠的，其优惠期限从2008年度起计算。国发[2007]39号文附表“实施企业所得税过渡优惠政策表”列举了高新企业三种可享受减免税过渡性优惠政策的情况：一是根据原《外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》，在国务院确定的国家高新技术产业开发区设立的被认定为高新技术企业的中外合资经营企业，经营期在10年以上的，经企业申请，当地税务机关批准，从开始获利的年度起，第1年和第2年免征企业所得税；二是根据国发[2006]6号文《国务院关于实施〈国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006～2020年）若干配套政策的通知〉》，国家高新技术产业开发区内新创办的高新技术企业经严格认定后，自获利年度起2年内免征所得税；三是根据原《外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》等文件，对设在北京市新技术产业开发试验区新技术企业自开办之日起，三年内免征所得税。经北京市人民政府指定的部门批准，第四至六年可按15%或10%的税率，减半征收所得税。

　　而根据新《企业所得税法》第二十八条及其《实施条例》第九十三条，对拥有核心自主知识产权，并同时符合规定条件的国家需要重点扶持的高新技术企业，减按15%的税率征收企业所得税。也就是说，高新技术企业减按15%的税率征收企业所得税的优惠政策，其依据是新《企业所得税法》第二十八条及其《实施条例》。

　　国发[2007]39号文规定，企业所得税过渡优惠政策与新税法及实施条例规定的优惠政策存在交叉的，由企业选择最优惠的政策执行，不得叠加享受，且一经选择，不得改变。财税[2009]69号文进一步明确，这里所称的“不得叠加享受”，只限于企业所得税过渡优惠政策与企业所得税法及其实施条例中规定的定期减免税和减低税率类的税收优惠。企业所得税法及其实施条例中规定的各项税收优惠，凡企业符合规定条件的，可以同时享受。显然，高新技术企业享受减按15%的税率的政策与[2007]39号文规定的定期减免税过渡期优惠政策不得叠加享受。基于此，国税函[2010]157号文明确，居民企业被认定为高新技术企业，同时又处于国发[2007]39号第一条第三款规定享受企业所得税“两免三减半”、“五免五减半”等定期减免税优惠过渡期的，该居民企业的所得税适用税率可以选择依照过渡期适用税率并适用减半征税至期满，或者选择适用高新技术企业的15%税率，但不能享受15%税率的减半征税。

　　这里我们还需注意，并不是所有企业都适用上述规定。根据《企业所得税法》第五十七条，只有本法公布前已批准设立的企业才可以享受过渡期优惠政策，而根据财税[2007]115号文《关于<中华人民共和国企业所得税法>公布后企业适用税收法律问题的通知》，新税法第五十七条第一款所称“本法公布前已经批准设立的企业”，是指在2007年3月16日前经工商等登记管理机关登记成立的企业。

　　（二）居民企业被认定为高新技术企业，同时又符合软件生产企业和集成电路生产企业定期减半征收企业所得税优惠条件的。由于软件生产企业和集成电路生产企业在新税法实施前、后均享有所得税减免政策，因此这里我们需要分别不同情况作具体分析：

　　1、新税法实施前设立的经认定的软件生产企业和集成电路生产企业。根据财税[2000]25号文《关于鼓励软件产业和集成电路产业发展有关税收政策问题的通知》，可自开始获利年度起，第一年和第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税。财税[2009]69号文又规定，2007年底前设立的软件生产企业和集成电路生产企业，经认定后可以按《财政部、国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008]1号）的规定享受企业所得税定期减免税优惠政策。在2007年度或以前年度已获利并开始享受定期减免税优惠政策的，可自2008年度起继续享受至期满为止。也就是说，这类企业也可以享受过渡期优惠政策。如果这类企业在新税法实施后又被认定为高新企业，根据国发[2007]39号文和财税[2009]69号文，高新技术企业享受减按15%的税率的政策与[2007]39号文规定的定期减免税过渡期优惠政策同样不得叠加享受。因此国税函[2010]157号文规定，此类居民企业的所得税适用税率可以选择适用高新技术企业的15%税率，也可以选择依照25%的法定税率减半征税，但不能享受15%税率的减半征税。

　　2、新税法实施后经认定的软件生产企业和集成电路生产企业。根据财税[2008]1号文，新办软件生产企业和集成电路设计企业经认定后，自获利年度起，第一年和第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税。如果这类企业在新税法实施后又被认定为高新企业，两种优惠政策都属于新税法实施后的政策，并不属国发[2007]39号文和财税[2009]69号文规定的不得叠加享受的优惠政策，那么这两种政策是否可以同时享受呢？对此，文件同样明确只能享受其中一项优惠政策，即也不能享受15%税率的减半征税。

　　（三）高新技术企业减低税率优惠的具体应用。国发[2006]6号文曾规定：国家高新技术产业开发区内新创办的高新技术企业经严格认定后，自获利年度起两年内免征所得税，两年后减按15%的税率征收企业所得税。然而在国发[2007]39号文附表第30项中，后半部分“两年后减按15%的税率征收企业所得税”并不在过渡政策的范围之内。其原因，正如国税函[2010]157号文所说，即高新技术企业减低税率优惠属于变更适用条件的延续政策，因此，凡居民企业经税务机关核准2007年度及以前享受高新技术企业或新技术企业所得税优惠，2008年及以后年度未被认定为高新技术企业的，自2008年起不得适用高新技术企业的15%税率，也不适用国发[2007]39号规定的过渡税率，而应自2008年度起适用25%的法定税率。

　　这里我们还应注意，国税函[2009]203号《关于实施高新技术企业所得税优惠有关问题的通知》曾规定，原依法享受企业所得税定期减免税优惠尚未期满同时符合规定条件的高新技术企业，根据《高新技术企业认定管理办法》以及《科学技术部 财政部 国家税务总局关于印发〈高新技术企业认定管理工作指引〉的通知》的相关规定，在按照新标准取得认定机构颁发的高新技术企业资格证书之后，可以在2008年1月1日后，享受对尚未到期的定期减免税优惠执行到期满的过渡政策。事实上，根据国发[2007]39号文及国税函[2010]157号文，可以执行至期满的只能是“定期免税”政策，而不包括“定期减税”政策。当然这里有个特殊情况，即国发[2007]39号文件附表第25项：设在北京市新技术产业开发试验区的外商投资企业，依照北京市新技术产业开发试验区的税收优惠规定执行。对试验区的新技术企业自开办之日起，3年内免征所得税。经北京市人民政府指定的部门批准，第4年至第6年可分到按15%或10%的税率，减半征收所得税。即设在北京市新技术产业开发试验区的高新企业，其定期减免税政策均可执行至期为止，但享受减半期间无论适用15%或10%的税率，根据财税[2008]21号文《关于贯彻落实国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策有关问题的通知》，均应一律按照国发[2007]39号文规定的过渡期税率计算的应纳税额实行减半征税，即2008年按18%税率计算的应纳税额实行减半征税，2009年按20%税率计算的应纳税额实行减半征税，2010年按22%税率计算的应纳税额实行减半征税，2011年按24%税率计算的应纳税额实行减半征税，2012年及以后年度按25%税率计算的应纳税额实行减半征税。

　　通过以上分析，我们可以得出这样的结论：高新技术企业，无论什么情况下都不可能享受按15%税率减半征收所得税的优惠政策。

　　二、居民企业从事税法规定减征收所得税项目的所得确定。为鼓励和扶持某些产业或地区的发展，实现有关社会、经济目标，《企业所得税法》第二十七条规定了纳税人从事有关项目所得可以免征、减征所得税。《企业所得税法实施条例》第八十六条、第八十七条、第八十八条和第九十条又详细规定了可以减半征收所得税政策。可减半征收所得税的项目包括：居民企业从事花卉、茶以及其他饮料作物和香料作物的种植、从事海水养殖和内陆养殖所得；居民企业一个纳税年度内取得符合条件的技术转让所得超过500万元的部分。而对居民企业从事符合规定的国家重点扶持的公共基础设施项目的投资经营的所得、从事符合条件的环境保护、节能节水项目的所得，均自项目取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第三年免征企业所得税，第四年至第六年减半征收企业所得税。对可减半征收的企业所得税，国税函[2010]157号文明确，是指居民企业应就该部分所得单独核算并依照25%的法定税率减半缴纳企业所得税。事实上，《企业所得税法实施条例》第一百○二条也明确，企业同时从事适用不同企业所得税待遇的项目的，其优惠项目应当单独计算所得，并合理分摊企业的期间费用；没有单独计算的，不得享受企业所得税优惠。

　　这里我们还需注意两个问题：

　　1、根据国税函[2009]255号文《关于企业所得税税收优惠管理问题的补充通知》，除国务院明确的企业所得税过渡类优惠政策、执行新税法后继续保留执行的原企业所得税优惠政策、新企业所得税法第二十九条规定的民族自治地方企业减免税优惠政策，以及国务院另行规定实行审批管理的企业所得税优惠政策外，其他各类企业所得税优惠政策，均实行备案管理。而根据目前仍有效的国税发[2005]129号文《税收减免管理办法（试行）》，纳税人享受备案类减免税，应提请备案，经税务机关登记备案后，自登记备案之日起执行。纳税人未按规定备案的，一律不得减免税。

　　2、注意国税函[2010]148号文《关于做好2009年度企业所得税汇算清缴工作的通知》对减征、免征所得额项目纳税申报的要求，即企业取得的免税收入、减计收入以及减征、免征所得额项目，不得弥补当期及以前年度应税项目亏损；当期形成亏损的减征、免征所得额项目，也不得用当期和以后纳税年度应税项目所得抵补。

　　三、关于居民企业总分机构的过渡期税率执行问题

　　新税法以是否具有法人资格作为企业所得税纳税人的认定标准，而“两税”合一前，内资企业以是否独立核算而非是否具有法人资格为纳税人认定标准，外资企业虽以法人作为纳税主体，但根据国税发[1997]49号文《关于外商投资企业分支机构适用所得税税率问题的通知》规定，外商投资企业设在我国境内的从事产品生产、商品贸易、服务等业务的分支机构，其生产经营所得应适用该分支机构所在地同类业务企业适用的企业所得税税率，由其总机构汇总缴纳所得税。也就是说，“两税”合一前，不具备法人资格的内、外资企业分机机构，都可能单独享受所得税优惠政策。根据新税法第57条规定，在新税法公布之日即2007年3月16日之前设立的企业可以享受过渡性税收优惠政策，那么企业在2007年3月16日之前设立的分支机构是否可以单独享受国发[2007]39号规定的企业所得税过渡优惠政策呢？对此，财税[2009]69号文明确，单独依据原内、外资企业所得税法的优惠规定已享受有关税收优惠的分支机构，凡符合国发[2007]39号所列政策条件的，都可以单独享受国发[2007]39号规定的企业所得税过渡优惠政策。当然，新所得税法实施后规定的有关优惠政策，作为不具备法人资格的分支机构是不能单独享受的。据此，国税函[2010]157号文明确，居民企业经税务机关核准2007年度以前依照国税发[1997]49号规定，其处于不同税率地区的分支机构可以单独享受所得税减低税率优惠的，仍可继续单独适用减低税率优惠过渡政策；优惠过渡期结束后，统一依照国税发[2008]28号文《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》第十六条的规定执行，即总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后依照本办法第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额后，再分别按总机构和分支机构所在地的适用税率计算应纳税额。该文件并未提及内资企业总分机构的过渡期税率执行问题，笔者理解，内资企业分支机构也应按此规定执行。居民企业经税务机关核准2007年度以前依照国税发[1997]49号规定，其处于不同税率地区的分支机构可以单独享受所得税减低税率优惠的，仍可继续单独适用减低税率优惠过渡政策；优惠过渡期结束后，统一依照国税发[2008]28号文《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》第十六条的规定执行，即总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后依照本办法第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额后，再分别按总机构和分支机构所在地的适用税率计算应纳税额。该文件并未提及内资企业总分机构的过渡期税率执行问题，笔者理解，内资企业分支机构也应按此规定执行。