第一步，计算各分公司的分摊比例。根据《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》（国税发[2008]28号）的规定，对于鑫达集团2009年第三季度的所得，南昌总公司应按照2008年各分公司的经营收入、职工工资和资产总额三个因素来计算各分公司分摊所得税款的比例，计算公式为：

　　某分支机构分摊比例＝0.35×（该分支机构营业收入÷各分支机构营业收入之和）＋0.35×（该分支机构工资总额÷各分支机构工资总额之和）＋0.30×（该分支机构资产总额÷各分支机构资产总额之和）。

　　根据上述公式，可以求得长沙分公司的分摊比例为29.27%×0.35+27.21%×0.35+25.53%×0.3=27.43%.同理可以求得南京、武汉、青岛和深圳分公司的分摊比例分别为22.22%、11.99%、10.21%和28.15%.

　　第二步，计算鑫达集团的应纳税总额。根据国税发[2008]28号文件的规定，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后依照规定比例，计算分摊不同税率地区机构的应纳税所得额后，再分别按总机构和分支机构所在地的适用税率计算应纳税额。

　　鑫达集团全部应纳税所得额为16000万元，根据国税发[2008]28号文件的规定，其中50%在各分公司间分摊，50%由总公司分摊，即南昌总公司分摊所得额16000×50%=8000（万元），各分公司分摊所得额16000×50%=8000（万元）。在各分公司分摊的所得额中，长沙分公司分摊8000×27.43%=2194.4（万元），南京分公司分摊8000×22.22%=1777.6（万元），武汉分公司分摊8000×11.99%=959.2（万元），青岛分公司分摊8000×10.21%=816.8（万元），深圳分公司分摊8000×28.15%=2252（万元）。则鑫达集团应纳税总额=（8000+2194.4+1777.6+959.2+816.8）×25%+2252×20%=3887.4（万元）。

　　第三步，计算总公司和各分公司应预缴的应纳税额。根据《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函[2009]221号）的规定，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按照国税发[2008]28号文件规定的比例和权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算出企业的应纳所得税总额。再按照国税发[2008]28号文件规定的比例和权重，向总机构和分支机构分摊就地预缴的企业所得税款。

　　具体而言，鑫达集团2009年第三季度的应纳税总额3887.4万元中，南昌总公司应分摊3887.4×50%=1943.7（万元），各分公司分摊3887.4×50%=1943.7（万元）。在各分公司分摊的1943.7万元中，长沙分公司应分摊1943.7×27.43%=533.16（万元），同理可以求出南京、武汉、青岛和深圳分公司分别应分摊431.89万元、233.05万元、198.45万元和547.15万元。该集团第三季度预缴税款的合计数=1943.7+533.16+431.89+233.05+198.45+547.15=3887.4（万元）。

　　第四步，汇总清算。在2009年度终了后，鑫达集团南昌总公司应负责进行企业所得税的年度汇算清缴。需要注意的是，在计算总公司和各分公司预缴的所得税款时，按照经营收入、职工工资和资产总额计算各分公司的分摊比例时，采取的是各分公司以前年度的指标。而在汇总清算环节，鑫达集团为计算年度应纳税额，仍需要按照上述方法对集团的年度应纳税所得额进行计算分摊，但是在确定各分公司的分摊比例时经营收入、职工工资和资产总额采用的是2009年度的指标，不再是以前年度的指标。鑫达集团南昌总公司负责进行企业所得税的年度汇算清缴，按照上述办法统一计算集团2009年度的应纳所得税额，抵减总公司、各分公司当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补税款。

　　需要说明的是，根据国税函[2009]221号文件，除《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发[2007]39号）、《财政部、国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008]1号）和《财政部、国家税务总局关于贯彻落实国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策有关问题的通知》（财税[2008]21号）有关规定外，跨地区经营汇总纳税企业不得按照上述总分支机构处于不同税率地区的计算方法计算并缴纳企业所得税，应按照企业适用统一的税率计算并缴纳企业所得税。为了平衡总分支机构所在地的税收收入和反避税工作的需要，对于总分支机构适用不同所得税率的情况，国税发[2008]28号文件和国税函[2009]221号文件都要求在进行汇总纳税时必须进行两次分摊。第一次分摊的对象是企业的全部应纳税所得额，目的是求出应纳税总额；第二次分摊的对象是应纳税总额，目的是确定各总分支机构应分摊的应纳税额。因此，如果总分支机构适用的企业所得税税率相同，则不需要进行两次分摊。