《企业所得税法实施条例》规定，利息收入的纳税义务发生时间，是按合同约定的债务人应付利息的日期确认收入的实现。所以，税务部门在实际应用中，只能按合同约定的应付利息的日期来计算应纳税所得额，从而导致在实际工作中，往往出现有税不能收、望税兴叹的尴尬局面。

　　一是按合同确定纳税义务发生时间别无选择权。

《企业所得税法》只对利息收入应作为缴纳企业所得税时的收入总额作了具体规定。而《企业所得税法》并没有对利息收入的纳税义务发生时间作出一个明确规定。因此，在确定利息收入的所得税纳税义务发生时间时，不能应用《企业所得税法》，只能按国务院制定的行政法规或财政部、国家税务总局的规章、规范性文件去处理。根据《立法法》效力等级原则，国务院制定的行政法规，其效力高于财政部、国家税务总局的规章、规范性文件。而《企业所得税法实施条例》属于行政法规。所以，按合同确定利息收入纳税义务发生时间，别无选择权，即只能按《企业所得税法实施条例》来处理。

　　根据法律、行政法规应用惯例，人们在引用法律、法规而找不到合适条文时，就会考虑到该部法律、行政法规的基本原则。也就是说，法律、法规没有具体规定或规定的内容存在明显瑕疵，应按基本原则来处理。但《企业所得税法实施条例》第九条却是这样规定的：企业应纳税所得额的计算，以权责发生制为原则，属于当期的收入和费用，不论款项是否收付，均作为当期的收入和费用；不属于当期的收入和费用，即使款项已经在当期收付，也不作为当期的收入和费用。本条例和国务院财政、税务主管部门另有规定的除外。因此，对于利息收入的纳税义务发生时间，是权责发生制的例外。在确认利息收入时，不能按权责发生制来处理，只能按合同约定，即收付实现制确认收入。

　　二是按合同确认收入与现行会计和税法相冲突。

对于利息收入的确认，会计上遵循的是权责发生制原则。即属于当期的收入，不论款项是否收到，均作为当期的收入。因此，税法按合同确认利息收入与会计准则相冲突，从而造成会计和税法核算口径不一致。这样，一方面加大了企业财务和税务人员的工作量，另一方面容易造成税款流失。

　　《企业所得税法实施条例》第三十八条规定，企业在生产经营活动中发生的下列利息支出，准予扣除：非金融企业向金融企业借款的利息支出、金融企业的各项存款利息支出和同业拆借利息支出、企业经批准发行债券的利息支出；非金融企业向非金融企业借款的利息支出，不超过按照金融企业同期同类贷款利率计算的数额的部分。由此看来，税法在规定利息支出时，并没有局限于在实际支出时扣除。也就是说，税法允许纳税人对按规定计提的利息可进行扣除。在关于利息扣除问题上，税法和会计一致，遵循的都是权责发生制。这与《企业所得税法实施条例》规定的利息收入的收付实现制不配比，从而造成收入与支出不能同步。

　　三是与国务院财政、税务主管部门规定相矛盾。

        财政部、国家税务总局《关于执行企业会计准则有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2007]80号）中规定：企业对持有至到期投资、贷款等按照新会计准则规定采用实际利率法确认的利息收入，可计入当期应纳税所得额。对于采用实际利率法确认的与金融负债相关的利息费用，应按照现行税收有关规定的条件，未超过同期银行贷款利率的部分，可在计算当期应纳税所得额时扣除，超过的部分不得扣除。由此可见，关于利息收入纳税义务发生时间，财税[2007]80号文件与《企业所得税法实施条例》不一致。该规定强调的是，在确认利息收入时，可遵循权责发生制，这与《企业所得税法实施条例》按合同约定相矛盾。

　　四是按合同确认收入与权益性投资分不清。

        债券性和权益性投资收益税收政策不同。债券性投资，除国库券利息以外，其他的债券性投资利息收入，应按规定缴纳所得税。但一般情况下，国内权益性投资股息、红利属于免税收入。而企业对另一企业投资，有可能既有债券性投资，又有权益性投资。换句话说，投资企业和被投资企业是关联关系，投资与被投资企业之间互利互惠，为了一个以盈利为目的的共同目标，这样，投资企业和被投资企业，往往通过不符合常规约定的合同来掩盖投资事实。作为投资企业来说，往往通过压低利率少收取利息或不收取利息，而采取多分红、高税后收益的手段，尽量多享受国家减免税优惠。而被投资企业往往多计提利息支出扣除，多发权益性投资收益。这样，把债券性投资收益和权益性投资收益混在一起，容易发生人为调节利润、逃避缴纳所得税等税费的问题。